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Une pluie de météores apporte un jeune garçon à Smallville dans le Kansas. À l'âge de quatorze ans, il présente déjà une invulnérabilité, une super force et une super vitesse. La saison raconte l'histoire de sa première année à l'école secondaire. Presque chaque semaine, il combat un nouvel ennemi possédant des super pouvoirs dus à une exposition aux météorites. Clark commence aussi son amitié avec Lana, Lex, Pete et Chloe, élèves du même lycée. Lex est venu à Smallville pour gérer l'usine d'engrais de LuthorCorp. Il est intrigué par Clark et la pluie de météores, mais ses investigations menacent d'exposer Clark au danger.
Zod et d'autres kryptoniens sont arrivés sur Terre grâce à l'orbe de Tess. Néanmoins cette dernière n'arrive pas à les contrôler comme elle le voudrait. Pendant ce temps, Loïs est revenue du futur et se rapproche de plus en plus de Clark. Chloé, elle, doit réussir à continuer à vivre malgré la mort de Jimmy, s'éloigne de Clark et gère la Tour de Guet. Oliver, lui, sombre de plus en plus dans la dépression et pourrait retrouver gout à la vie grâce à un nouvel amour. Clark veille sur Métropolis, et tente de gérer le problème "Kryptonien": en effet, ces derniers cherchent à retrouver leurs pouvoirs.